Dupa concedierea lui Simionas, Dumitru Dumitriu a devenit noul antrenor, iar Otelul a cazut pe locul 8 la sfarsitul sezonului 1999-2000. In sezonul viitor Otelul a coborat pe locul 12, dar apoi a urcat pe locul 5, cu Victor Rosca si apoi cu Marius Lacatus ca antrenor. Emil Jula, golgheterul Otelul in 2007-2008
Aceasta oscilatie a continuat in 2002–03, cand Otelul a terminat pe locul 13 si s-a confruntat cu un play-off de retrogradare impotriva Bihor Oradea (denumit FC Oradea la acea vreme). La Galati, „Steelworkers” a castigat 2-1, goluri marcate de Gheorghe Cornea si Mihai Gurita, dar la Oradea, in fata a 20.000 de suporteri si a unei echipe motivate FC Oradea – care a avut sansa sa joace din nou in Divizia A dupa 12 – absenta de ani – Otelul a pierdut cu 1-3 Bogdan Vrajitoarea a marcat un hat-trick pentru gazde, in timp ce Viorel Tanase a marcat pentru Otelul. A fost o infrangere dificila pentru echipa. Cu toate acestea, a existat o intoarcere neasteptata a evenimentelor: cluburile de diviziune Astra Ploiesti si Petrolul Ploiesti s-au contopit, lasand un loc liber in tabela ligii pentru Otelul.
Clubul a fost apoi cumparat de Nicolai Boghici, un om de afaceri din Galati. Otelul a avut un puternic sezon 2003–04 Divizia Un sezon sub antrenorul Sorin Cartu si a terminat pe locul 5, facand totodata prima aparitie a clubului in finala Cupa Romaniei, unde a pierdut cu 0-2 in fata lui Dinamo Bucuresti. Imediat dupa aceasta finala, s-a descoperit ca asociatia care detine clubul avea datorii de peste 15 miliarde de lei romanesti (ROL). Otelul a castigat o pozitie pentru competitia din Cupa UEFA 2004-2005, incepand de la prima etapa de calificare. Otelul a trecut primul tur dupa 8–1 pe agregat impotriva lui Dinamo Tirana, dar s-a oprit in runda a doua dupa 0–1 pe agregat impotriva Partizanului.
In divizia 2004-2005, sezonul Otelul a terminat pe locul 8. Marius Stan a fost numit presedinte al clubului incepand din sezonul 2005-2006. In prima parte a acelui sezon, Otelul nu a reusit sa obtina mai mult de 9 puncte, iar echipa a fost reconstruita, antrenorul Aurel Sunda a fost inlocuit de Petre Grigoras si au adus in echipa 18 jucatori noi. Schimbarile au transformat sezonul echipei, incepand cu o victorie de 3-0 impotriva lui Dinamo, iar Otelul a terminat pe locul 9. In Cupa Romaniei, Otelul a fost eliminat in sferturile de finala in loviturile de departajare impotriva FC National. Dorinel Munteanu, antrenor care a castigat singurul titlu romanesc cu Otelul
In sezonul 2006-2007, Otelul a terminat pe locul 5 in clasament. La sfarsitul acestui sezon, jucatorul proeminent Viorel Tanase s-a retras, marcand un gol in ultimul sau meci. Datorita pozitionarii bune in tabela ligii, echipa s-a calificat pentru Cupa UEFA Intertoto. In Cupa Romaniei, Otelul a fost din nou eliminat din penalty, de aceasta data de Steaua Bucuresti.
Debutul sezonului 2007-2008 s-a facut in Cupa UEFA Intertoto, unde Otelul a intalnit Slavija Sarajevo (locul 3 in Premier League din Bosnia si Hertegovina). Meciul disputat in Bosnia si Hertegovina pe stadionul Koševo s-a incheiat 0–0. Al doilea meci jucat la Galati a fost o victorie neasteptata de 3-0 pentru Otelul, cu golurile lui Emil Jula (la 31 si 42 de minute) si Gabriel Paraschiv (70 min).
In optimile de finala, Otelul s-a confruntat cu binecunoscuta latura turca Trabzonspor (locul 4 in Süper Lig). Otelul a castigat primul meci din Galati 2-1 in fata a 5.000 de spectatori. Daniel Stan a deschis scorul (28 min), Ersen Martin a egalat (83 min), iar meciul a fost decis de golul lui Gabriel Paraschiv (87 min). Al doilea meci s-a jucat pe stadionul Hüseyin Avni Aker in fata a peste 20.000 de spectatori.
Partea turca a deschis scorul cu o lovitura de 15 metri in corner, de Ceyhun Eris (8 min). János Székely a marcat cinci minute mai tarziu, apoi Galatenii a aparat si a contraatacat, Tadas Labukas si Emil Jula trecand langa al doilea gol (77 min). Dupa un contraatac, un fundas turc a executat un penalty (88 min), iar Emil Jula a marcat si a calificat echipa pentru runda preliminara a Cupei UEFA. In Cupa UEFA, Otelul s-a confruntat cu Lokomotiv Sofia (locul 3 in A PFG). Primul meci jucat pe Stadionul Balgarska Armia din Sofia a fost pierdut cu 1–3. In cel de-al doilea meci, Otelul a atacat, dar nu a reusit sa inscrie, iar o remiza de 0-0 a eliminat echipa.
In Liga I, Otelul a terminat pe locul 8. Emil Jula a ocupat locul 2 in tabelul celor mai buni marcatori ai ligii, cu 17 goluri. Pentru aceste fapte, antrenorul principal Petre Grigoras a fost numit cel mai tare din oras („cel mai bun al orasului”).
In sezonul 2008-2009 au aparut probleme. Otelul a terminat pe locul 12, iar clubul a ajuns intr-o situatie aproape de faliment. Sezonul urmator a adus schimbari mari, intrucat Petre Grigoras a plecat si a fost inlocuit de Dorinel Munteanu. In sezonul 2009-2010, Otelul a obtinut locul 8.
Otelul a obtinut cea mai buna performanta in sezonul 2010–11, castigand prima liga, invingand principalul rival FC Timisoara intr-un meci direct pentru titlu. Doua luni mai tarziu, clubul a castigat Supercupa Romaniei intr-o victorie de 1-0 asupra Steaua Bucuresti. Echipa care a castigat a inclus: portarii Branko Grahovac, Cristian Branet si Gabriel Abraham; aparatorii Cornel Rapa, Samoel Cojoc, Cristian Sirghi, Milan Perendija, Sergiu Costin, Enes Šipović, Constantin Miselaricu, Adrian Salageanu si Silviu Ilie; mijlocasii Ionut Neagu, Gabriel Giurgiu, Ioan Filip, Ciprian Milea, Liviu Antal, Laurentiu Iorga, Laurentiu Petean, John Ibeh, Gabriel Viglianti, Razvan Ochirosii, Laurentiu Bus si Gabriel Paraschiv; si inainteaza Bratislav Punoševac si Róbert Elek; cu antrenorul Dorinel Munteanu.
In sezonul 2011–12, Otelul a terminat pe locul 6 si a participat, de asemenea, pentru prima data la faza grupelor UEFA Champions League. Grupul lor a avut adversari proeminenti Manchester United, Benfica si FC Basel si a fost un moment imens pentru club sa joace impotriva echipelor europene de top. Otelul nu a obtinut o singura victorie, pierzand la limita: 2–3 si 0–1 impotriva FC Basel, dubla 0–1 impotriva Benfica si o dubla 0–2 impotriva Manchester United.
Declin si faliment (2012-2016)
Dupa doua sezoane fantastice, Otelul s-a confruntat cu dificultati, deoarece actionarii clubului au dorit banii primiti de club pentru participarea Ligii Campionilor.
In sezonul 2012-13, Marius Stan a plecat sa devina primar al Galati, iar Dan Adamescu a devenit noul proprietar al clubului. Otelul l-a pierdut pe Dorinel Munteanu ca antrenor; Viorel Tanase, jucator de vedeta care s-a retras in 2007, a fost numit inlocuitorul sau. Tanase a reusit sa termine prima parte a sezonului in afara zonei de retrogradare, dar in timpul pauzei de iarna a fost inlocuit cu Petre Grigoras. Otelul a terminat pe locul 11 cu 43 de puncte. In Cupa Romaniei, au ajuns in semifinale, unde au fost eliminati de Petrolul, castigatorul competitiei.
